При обновлении FreeBSD получаем ошибку:

Installing updates...chflags: ///var/empty: Read-only file system

Смотрим:

# zfs get readonly zroot/var/empty
NAME             PROPERTY  VALUE   SOURCE
zroot/var/empty  readonly  on      local

Решение:

# zfs set readonly=off zroot/var/empty

После обновления не забываем вернуть обратно:

# zfs set readonly=on zroot/var/empty

Решение подсмотрено здесь.