Создаем файл /root/mysql-init следующего содержания:

UPDATE mysql.user
  SET authentication_string =
    PASSWORD('PaSsWoRd'),
  password_expired = 'N'
  WHERE User = 'root' AND
    Host = 'localhost';

в файл /etc/rc.conf

mysql_args="--init-file=/root/mysql-init"

Перезапускаем сервис mysqld командой:

service mysql-server restart

Удаляем или комментируем строку в файле rc.conf: mysql_args и еще раз перезапускаем mysql.
Заходим с установленным нами паролем или используем файл /root/.my.cnf