Создаем скрипт.

#!/bin/sh
datafile=`date +%Y.%m.%d`
/usr/local/bin/mysqldump -uroot -pPASSWORD --all-databases -q | bzip2 > /backup/alldb_backup_${datafile}.bz2

Настраиваем запуск по cron (crontab -e).

0       5       *       *       *       /usr/local/etc/cron/mysql_backup.sh