Имеем FreeBSD 9.0 RELEASE. Ошибка:

locate: database too small: /var/db/locate.database

Решение запустить от имени root

/usr/libexec/locate.updatedb

некрасиво, ибо ругается

WARNING
Executing updatedb as root.  This WILL reveal all filenames
on your machine to all login users, which is a security risk.

поэтому запускаем

/etc/periodic/weekly/310.locate

или ждем до конца недели.